Le Comité opérationnel réunit les directrices des sections, la directrice et les responsables du Secrétariat général.

Il est responsable de la bonne marche opérationnelle de l'Association.

Il donne un préavis sur tous les projets romands et nationaux au comité stratégique. Il a la responsabilité du suivi de tous ces projets lorsqu'ils impliquent les sections.

Il est aussi un lieu d’échange et de partage des pratiques, notamment en matière de sensibilisation, recherche de fonds, travail en réseau et gestion administrative.